中心各单位互设研究生保送名额，鼓励中心各成员单位学生进行相互申请。2012年以来，南大、同济、清华、浙大等协同单位之间录取研究生20人次，联合培养研究生23人。 

       中心建立研究生传统入学方式与面向全球的“申请制”免试入学相结合的“多源入学”模式，吸引有特长的创新性人才来中心深造。目前“申请制”免试入学的学生达到40人。