清洁水协同创新中心于2012年根据《教育部、财政部关于实施高等学校创新能力提升计划的意见》组建，联合了南京大学、同济大学、宜兴环保科技工业园等10所环保领域内的优势高校、科研院所及相关企业，已经过两年的精心培育运行，主要围绕水污染控制与治理领域内的科技研发、人才培养等国家战略展开深度协同。2014年，根据习近平总书记关于治水“十六字方针”、新颁布《中华人民共和国环境保护法》、国务院即将实施的《水污染防治行动计划》等国家关于水污染治理的全新战略思路，经中心管理委员会讨论并经协同中心理事会批准，中心名称由“水污染控制先进技术与装备协同创新中心”变更为“清洁水协同创新中心”，牵头单位由南京大学变更为同济大学，由同济大学副校长伍江教授担任管理委员会主任，理事会、学术委员会、管理委员会等组织机构进行了相应调整。

       目前，清洁水协同创新中心已整合了“污染控制与资源化研究国家重点实验室”等4个国家重点实验室、“城市污染控制国家工程研究中心”等4个国家工程中心、1个国家环保高新技术开发区和3个国家科技部技术创新战略联盟，集聚了一大批院士、杰出人才和创新团队等环境领域高端人才，并进一步整合了同济大学联合国环境保护署可持续发展学院、土木、生物、化学、规划等优势学科资源，具备了国内领先的实力。